Vírus nie je prítomný v mieste, z ktorého bol odobraný ster (práve preto sa odoberá vzorka aj z nosa aj z úst). Ochorenie je v príliš rannom štádiu alebo už prebehlo a je príliš neskoro. V neskoršom štádiu vírus putuje nižšie a môže sa stať, že aj keď je prítomný v pľúcach, v hltane a nosohltane sa nenachádza. Negatívny výsledok neznamená, že test bude negatívny aj na druhý deň alebo o niekoľko dní a v prípade objavenia sa príznakov ochorenia alebo kontaktu s pozitívne testovaným, je potrebné test opäť zopakovať.
Táto metóda dokáže zachytiť len prebiehajúcu infekciu, keď sa už vírus v organizme nenachádza, nedokáže ho zachytiť. Na identifikovanie pacientov, ktorí sa už vyliečili z ochorenia COVID-19, táto metóda nie je vhodná. Doplnkovou metódou sú v takomto prípade testy na protilátky.