Oddelenie klinickej mikrobiológie zabezpečuje priamu a nepriamu laboratórnu diagnostiku ochorení spôsobených mikroorganizmami (baktérie, vírusy, parazity, mykotické mikroorganizmy – kvasinky, plesne) z biologických materiálov.
Oddelenie zároveň poskytuje konzultačnú činnosť, interpretáciu výsledkov a prehľady rezistencií na antimikrobiálne látky.
Oddelenie je členené na laboratória:

Bakteriologické
- mikroskopické vyšetrenie biologických materiálov
- hemokultivačné vyšetrenia
- aeróbne a anaeróbne kultivačné vyšetrenie:
– identifikácia bakteriálnych kmeňov
– zisťovanie kvalitatívnej a kvantitatívnej citlivosti na antimikrobiálne látky
- detekcia bakteriálnych a vírusových antigénov v biologickom materiáli
Parazitologické
- identifikácia parazitov
- mikroskopické a kultivačné vyšetrenie protozoí, detekcia antigénov protozoí
- vajíčka helmintov
Imunosérologické
- vyšetrenie protilátok v sére proti baktériám, vírusom, parazitom a mykotickým organizmom
- detekcia antigénov v sére
